Els diferents protocols i mètodes emprats en la realització de l'Inventari Ecològic i Forestal de Catalunya (IEFC) es detallen al volum de mètodes.

La unitat geogràfica base de l'IEFC és la comarca. Per això, abans de començar el mostreig de camp calia determinar-ne la superfície forestal amb un recobriment d'arbres d'almenys un 5%. Un cop obtinguda, es repartien les parcel·les a raó d'una per cada km² de bosc.

Es distingien dos tipus de parcel·les segons el mostreig realitzat. Als «Punts», el mostreig era l'estàndard en un inventari forestal i a les denominades «Parcel·les, una de cada cinc, el mostreig era més extens. Era en aquestes parcel·les on es mesuraven les variables ecològiques.

Les mostres agafades al camp es processaven al labortori i les dades (tant de camp com de laboratori) s'informatitzaven per al seu procés posterior. Els càlculs es realitzaven per a cada unitat geogràfica (comarca) i, a mesura que s'acabava el mostreig de les diferents comarques, s'afegien al global. A partir de 1994, en acabar una comarca es procedia a l'elaboració dels mapes de models corresponents.

Des de l'any 2001, les dades de camp i laboratori i els resultats preliminars per parcel·la, espècie, classe diamètrica, etc. estan integrades en una base de dades relacional que permet consultar-les àgilment. La consulta es pot fer directament en llenguatge SQL o bé mitjançant asistents. El programari que gestiona les consultes és MiraBosc, un gestor de bases de dades, i el Lector de MiraBosc, una versió reduïda. Existeix també una versió en línia de la base de dades consultable per internet amb MiraBosc On-Line.